1996年
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·由行政院卫生署、新闻局及立法院厚生会和民生报主办的第六届医疗奉献奖，本会因成立「慈济骨髓捐赠资料中心」以来，本着「尊重生命」积极推动骨髓捐赠活动与国际骨髓资料库合作，获颁团体医疗奉献奖。
·本会获卫生署防疫处举办「八十六年度爱滋病及其他性传染病卫生教育宣导协调会」之「热心公益」甲等奖。 |
1997年
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·慈济日本分会获日本全国骨髓银行推进联络协议会致赠感谢状，感谢协助推动骨髓捐赠，及与慈济骨髓资料库交流等各方面所做的努力。
·慈济夏威夷联络处获选檀香山城市救灾委员会和红十字会评鉴之急难救助团体，负责邻近联络处的渡假胜地威基基地区紧急救难的组织与协调任务。
·美国佛教慈济义诊中心荣获圣盖博谷区医疗中心基金会（San Gabriel Valley Medical
Center Foundation）颁发「社区绩优服务团体贡献奖」；为该奖项颁发四年来，第一个亚裔且佛教团体获奖。 |
1998年
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·花莲慈济医院获行政院卫生署甲级评鉴，为花东地区唯一连续三年获此殊荣的医院。
·美国慈济义诊中心获美国圣盖博医院基金会颁发「社区服务绩优团体奖」，感谢五年来长期推动社区服务与关怀。
·获外交部十月二十六日以外（八七）北美一字8703025959号致函，赞扬慈济善行有助于美众议院十月九日全数通过支持我国加入世界卫生组织。 |
1999年
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·大林慈济医院荣获嘉义县环保局评选为全县优良工地楷模。
·由国家生技暨医疗保健委员会和财团法人全球展望医学基金会联合主办第二届「国家生技暨医疗保健品质奖」，本会获颁「特殊医疗贡献奖」荣誉，而花莲慈济医院心莲病房荣获「医疗院所各专科类品质奖」最高荣誉「品质金奖」。 |
2000年
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·花莲慈济医院荣获经济部水资源局「八十九年度推动节约用水效卓着奖」。
·花莲慈济医院荣获行政院卫生署委托台湾家庭医学会办理之「戒菸谘询机构服务奖励」优等奖。 |
2002年
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·花莲慈济医院荣获经济部能源局颁发「91年度节约能源绩优厂商杰出奖」。
·花莲慈济医院荣获卫生署疾病管制局颁发「91年度防疫有功医疗服务奖」。
·美国慈济义诊中心长期关怀假释、酗酒、吸毒及街友，获洛杉矶帕莎迪娜市(Pasadena)救世军颁发「社区志工组织楷模」表扬，以及获洛杉矶Friends
Outside教会组织颁赠「友谊情深感恩」奖牌。 |
2003年
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·位于台中慈济志业园区的「台中县潭子慈济护理之家工程」，2月27日获行政院环保署「91年度全国环保优良营建特优工地」颁奖表扬。
·花莲慈济医院「急诊大楼工程」获花莲县环保局「第一届优良工地青云奖」第二名。
·花莲慈济医院荣获行政院原住民委员会颁发第七届促进原住民社会发展有功团体奖。 |
2004年
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·「国际慈济人医会」荣获第十四届医疗奉献奖之团体奉献奖。
·大林慈济医院荣获行政院环保署颁发「全国医疗废弃物清理及资源减量回收再利用绩效优良竞赛」特优奖、经济部水利署「节水绩优奖」和能源局「九十三年度节约能源绩优厂商杰出奖」。
·大林慈济医院荣获行政院研考会「94年度营造优质英语生活环境评核」优等奖。
·花莲慈济医院荣获行政院卫生署颁发「九十三年度全国医废弃物减量及资源回收再利用特优奖」；其急诊大楼工程则获花莲县环保局九十二年度颁推动工地空气污染防制特选为优良环保工地青云奖第一名。
·北区慈济人医会及志工因长期在偏远地区义诊及举办社区健康讲座，荣获台北县卫生局颁发二座奖牌。 |
2005年
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·大林慈济医院肾脏内科血液透析室护理人员所组成的「肾力圈」，
参加财团法人医院评鉴暨医疗品质策进会的「第六届医品圈发表暨竞赛活动」，荣获全国护理组银奖。
·大林慈济医院荣获行政院环保署颁发「九十四年度事业废弃物与再生资源清理及资源减量回收再利用绩效优良奖」。
·美国总会慈济义诊中心荣获蓝十字保险公司颁发杰出社区服务奖。 |
2006年
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·花莲慈济医院「巴金森治疗与研究中心」、「护理部─伤口造口治疗室」及大林慈济医院「资讯室便民服务资讯系统」，分别荣获「国家品质标章」（Symbol
of National Quality,SNQ）。
·花莲慈济医院荣获行政院研考会「95年度营造优质英语生活环境评核」优等奖，及台湾医务管理学会颁发「推动医院营造英语医疗作业环境计画」特优医院。
·台北新店慈济医院积极落实社区疾病预防，获台北县政府卫生局颁发「尽心效力95年度子宫颈癌防治计画贡献殊伟」奖牌；而北区慈济人医会协助办理社区整合式健康筛检活动，获颁热心团体奖牌。
·《康健杂志》针对台湾十七家医学中心进行「门诊服务友善医院」民意调查，花莲慈济医院获评优等。
·花莲慈济医院荣获行政院卫生署颁发「九十四年度医疗废弃物减量及资源减量回收再利用优良机构」优等奖。
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大林慈济医院荣获行政院环保署颁发第十五届「中华民国企业环保奖」。
·行政院卫生署主办「因为爱，所以我在」新时代护理形象竞赛，大林慈济医院获摄影铜牌奖、新店慈济医院获二项摄影佳作。
·花莲慈济医院荣获中华民国杰出企业管理人协会颁发第十届杰出企业「金锋奖」。
·花莲慈济医院荣获行政院环保署颁发「九十五年度事业废弃物与再生资源清理及资源减量回收再利用绩效优良奖」。
·台北新店慈济医院首度参加医院评鉴暨医疗品质策进会(简称医策会)举办「第七届全面医疗品质提升竞赛活动」，获颁新人特别奖和品管圈医护组佳作两个奖项。 |
2007年
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·嘉义大林慈济医院落实两性平权，荣获行政院劳委会首届举办「96年度两性平权全国友善职场认证」核可，成为嘉义县唯一获「友善职场」标章认证场所。
·花莲慈济医院荣获第六届十大潜力企业「金炬奖」(医药保健类)。
·台中慈济医院在病人安全业务推动表现优异，获行政院卫生署中区医疗区域管理委员会颁奖；并获得「病人安全海报展」评比第一名。
·大林慈济医院荣获行政院卫生署国民健康局评选为「96年度社区健康营造绩优单位」。
·花莲慈济医院神经功能科之巴金森治疗与研究中心和护理部伤口造口护理小组，荣获国家生技医疗产业策进会（简称生策会）颁发「国家品质标章」；伤口造口护理小组还获得「国家生技医疗品质奖」护理照护服务类铜奖。
·大林慈济医院荣获行政院环保署颁发第十六届「中华民国企业环保奖」。
·台北新店慈济医院荣获「96年度优质英语生活环境优等奖」。 |
2008年
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·花莲慈济医院神经医学中心与慈济大学医学资讯研究所组成的癫痫医疗团队，在2008年台湾癫痫医学会年会囊括国际会议壁报论文前三名。 |
