(一)医务指导委员会(Medical Advisory Committee)
提供医疗及伦理、捐髓者招募、、法律、卫生政策及公众事务等领域之专业意见
(二)指导委员会(HLA Expert Review Panel)
提供骨髓及干细胞移植、免疫基因研究发展、配对法则等领域之专业意见
(三)免疫基因实验室
1.受理检验脐带血库检体、验血活动或各移植中心送回之血样抗原检原(ClassⅠ/ClassⅡ)
2.血样标本之储存管理
3.实验结果分析、鉴定及建档
4.回覆配型报告予资料库暨行政组
5.各项仪器设备、耗材之维护管理
6.研究发展检验科技及基因治疗之专业
(四)脐带血库
1.受理脐带血之捐赠
2.脐带血之管理储存
3.脐带血及干细胞之培养、扩增
4.脐带血实验数据与检验报告之建档维护
5.回覆配型报告予资料库暨行政组
6.仪器设备之维护管理、试剂耗材采购、清点、备制及报销
(五)临床医学暨研究组
1.骨髓及干细胞移植作业及品质制度之策进
2.骨髓及干细胞临床应用之开发及研究
3.医疗及研究专业人才之培育
(六)捐赠活动暨关怀组
1.受赠病患之关怀
2.骨髓捐赠之验血活动及脐带血之劝募
3.志工之培训及招募
4.捐赠者之关怀
5.协助送髓至相关医疗机构
(七)资料库暨行政组
1.协助捐赠活动之行政事宜
2.骨髓及脐带血捐赠资料库之建立
3.受理申请配对作业
4.推动国内外医疗暨研究机构之合作事宜
5.协助其他相关各组之行政事宜
6.企划及推动中心各种业务
7.协助中心主任及医务主任各种对外及慈济各志业体间业务沟通、协调
特别介绍：骨髓捐赠关怀小组
1994年由慈济委员、慈诚或捐髓者组成的「慈济骨髓捐赠关怀小组」，成立至今已经13年，全省成员约八百多人。他们除了定期举办验血活动、劝募捐髓者、关怀捐髓者，维持骨髓资料库的成长外，关怀层面亦扩展到需要协助的血液疾病患者及其家庭。「慈济骨髓捐赠关怀小组」是募集二十八万多笔捐髓资料、给了一千多位血液疾病患者家庭希望、让台湾成为国际闻名的「慈善之岛」美称的幕后英雄。
慈济骨髓捐赠活动暨关怀组总干事陈乃裕表示，从早年一年十几例至目前一年近两百例的骨髓捐赠，再加上脐带血的收集、病患的关怀，小组的责任更为加重；因此，组织人力的扩增和培养及整体的设想规画上，是小组未来努力的目标。
陈乃裕表示，关怀小组志工在过去曾历经捐者健检后改变主意不愿捐髓，或半途因家人反对而喊停，或送髓至国外时因台风，飞机抵达目的地上空又折返的情况……，种种变数、层层关卡，在在考验着关怀小组志工的毅力和能耐。「劝捐、完成骨髓配对虽然辛苦，但成果却也圆满！」
(资料更新：2006年6月)
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