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1992年，罹患血癌的留美华裔准博士生温文玲小姐，回台湾寻求骨髓配对，然而当时台湾器官捐赠法令限制骨髓移植必须在三等亲以内，她专程返台请愿。由于慈济从事慈善工作多年，常遇此类个案，而温小姐返台请愿，再度启发证严上人对此事的关心。
1993年5月立法院通过「人体器官移植条例」修正案，开放非亲属间的骨髓捐赠。鉴于打开捐髓风气不易及骨髓资料库耗资庞大，医界人士及专家学者便公推由具公信力及号召力的佛教慈济基金会来统筹。
 信心及悲心，成就骨髓捐赠资料库
证严上人因为相信医疗科学并亲眼见证一成功个案，确认了「捐髓救人，无损己身」，以及不忍血液疾病患者在生死边缘中徘徊的悲心，义无反顾推动骨髓捐赠；更在卫生署及各大医学中心吁请下，慈济于1993年10月20日成立「台湾骨髓捐赠资料中心」。
在慈济志工全力宣导及热烈参与下，有许多社会上的善心民众加入骨髓捐赠验血的行列。每一对案例都是慈济志工由一路劝髓、捐髓、陪髓、抽髓、取髓程程髓缘、层层因缘在在都显示了台湾的爱心密度之高，这些具备大爱胸怀的捐赠者，带着坚定的勇气与毅力，成就这一番生命交融的美丽相遇。
2002年改制为骨髓干细胞中心
本中心于1997年设立免疫基因实验室，致力提升国内白血球抗原 检验水准，配备有最先进的仪器设备并投注庞大的人力与资金于人类免疫基因组织类型(HLA)的检验技术研发。为带动造血干细胞移植作业达国际水准，本中心于2002年4月30日正式改制为「慈济骨髓干细胞中心」，并依卫生署建议，申请为非营利医疗机构，下辖免疫基因实验室、脐带血库、临床医学暨研究组、捐赠活动暨关怀组、资料库暨行政组等五个部门。
骨髓、脐带血及周边血等移植方式
为血液疾病病人救命之三大机会 目前干细胞研究已是全球医界研究主流。所谓干细胞（Stem
Cells）是指一群在胚胎发育早期尚未分化的细胞，理论上具有无限制分裂能力，可分化成特定组织，例如运输氧气的红血球、帮助凝血的血小板、抵抗感染的白血球、产生抗体的淋巴球及治疗用所需的细胞等。 就血液疾病而言，骨髓、脐带血及周边血等造血干细胞移植方式为血液疾病病人救命之三大机会。骨髓干细胞中心除持续维持骨髓资料库的成长外，也积极加强脐带血及周边血之收集，及各项相关软硬体设施，并培养专业品管人员。 为提供血液疾病患者更多元的生存希望，1999年成立慈济脐带血库。脐带血库负责人杨国梁表示，脐带血除了可辅助骨髓资料库作为移植上的使用，增加病患找到移植的机会外，另一发展方向则是可应用在培养和扩增干细胞方面，以作为临床医学及研究之用。关于脐带血库现今的规画，杨国梁强调将做好品质管控、建立完整的档案系统及运送机制，以提高干细胞的存活率，达到治疗疾病的效果。
周边血干细胞捐赠
2002年10月，卫生署将非亲属周边血移植列为常规治疗后，带给了血液疾病患者另一个重生的希望。「骨髓移植」是指从臀部上方的肠骨处，抽取出可分化为各种血液细胞的造血干细胞；而「周边血移植」则是藉注射入「颗粒球群落生长因子」（Granulocyte
Colony-Stimulating Factor ,G-CSF），简称「生长激素」，让骨头里的造血干细胞大量释放到血液中，然后再收集输入患者体内。 就医学研究趋势来看，周边血干细胞将来有可能多于或取代现行抽取骨髓移植的方式，但无论是抽骨髓或采周边血的移植方式，都会在保护捐赠者的健康为前提下，选择最佳的方式。」2003年8月13日，慈济骨髓干细胞中心顺利完成第一例非亲属间周边血干细胞捐赠，目前已和各地区医院合作协助注射生长激素，将台湾人的爱心紧密地串联起来。 骨髓移植病房的未来目标：「进行骨髓或是周边血干细胞移植外，也希望进行造血干细胞的分离术，把癌细胞过滤、筛检和清除掉，并进行造血干细胞的体外扩增培养，甚至做体外转移，往高科技的研究方向努力。」
未来愿景
而为维持营运，佛教慈济基金会每年提供资助，提升临床研究、脐带血、骨髓配对水准及配对患者的医疗补助金，减轻患者家属负担。 顶着慈济骨髓干细胞中心「建立符合国际水准的脐带血库」、「发展周边血干细胞移植」的未来愿景。我们相信未来在干细胞研究的领域，会有更宽广深入的发展与应用，为人类医疗带来新的展望，更为身陷病苦的人带来心的希望。同时我们也将在抢救生命的脚步上努力向前，点燃更多人间的美善与大爱。
(资料更新：2007年11月)
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